Berlin, aujourd'hui. Francis, 30 ans, est un réfugié de Guinée-Bissau qui se retrouve dans la capitale allemande après avoir traversé illégalement la Méditerranée sur un bateau. Seul survivant du voyage, il se rend vite compte que gagner sa vie honnêtement en tant que réfugié apatride sans papiers est pratiquement impossible. Francis s'efforce d'abord de rester sur la bonne voie, même après avoir rencontré le trafiquant de drogue allemand Reinhold, et Francis se retrouve ainsi aspiré dans le monde souterrain de Berlin.

Alors que l’espèce humaine s’adapte à un environnement de synthèse, le corps humain est l’objet de transformations et de mutations nouvelles. Avec la complicité de sa partenaire Caprice (Léa Seydoux), Saul Tenser (Viggo Mortensen), célèbre artiste performer, met en scène la métamorphose de ses organes dans des spectacles d’avant-garde. Timlin (Kristen Stewart), une enquêtrice du Bureau du Registre National des Organes, suit de près leurs pratiques. C’est alors qu’un groupe mystérieux se manifeste : ils veulent profiter de la notoriété de Saul pour révéler au monde la prochaine étape de l’évolution humaine…

1917. La Première Guerre mondiale ravage l'Europe. Par contraste, Davos, la noble ville thermale des Alpes suisses, semble être une oasis de paix. Mais dans les coulisses, la Suisse neutre est le théâtre d'une bataille sans merci entre les agents secrets des puissances mondiales. La jeune infirmière Johanna Gabathuler se retrouve inopinément prise entre les deux fronts: pour récupérer sa fille, elle s'engage dans un jeu mortel avec les services secrets allemands.