Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.

Un étudiant brillant, Light Yagami, trouve un jour le Death Note (Cahier de la Mort) qu'a égaré Ryûk, un shinigami. Grâce à cet ouvrage, on peut programmer la mort de celui dont on écrit le nom. Light tente alors d'éradiquer les rebus de la société : meurtriers, violeurs... Tous meurent subitement de façon inexpliquée. Désemparée face à ce phénomène, Interpol s'en remet à L, un détective introverti, pour trouver des explications. Désormais, Light est traqué tandis qu'il s'imagine façonner un monde idéal, sans criminel, si ce n'est lui...