En 2258, 10 ans après la guerre entre l'Alliance terrienne et la Fédération minbarie, Jeffrey Sinclair prend le commandement d'une station spatiale appelée Babylon 5. Située dans une zone neutre de l'espace, elle accueille les représentants des différentes races composant la communauté galactique, et regroupe au sein d'un Conseil les cinq principales puissances et la Ligue des mondes non alignés qui sont décidées à maintenir la paix et la prospérité dans la galaxie.

Lorsqu'une station d'exploitation spatiale découvre une énorme empreinte d'alien sur une planète distante, la colonie pense avoir trouvé la preuve de l'existence de Dieu. Mais bientôt, plusieurs membres de la colonie sont victimes de symptômes de la depression extrême - le seul remède, c'est de rapprocher de la Marque.Une ferveur religieuse s'empare alors de la population et aboutit à un suicide collectif. La sécurité de la planète décide alors de supprimer la Marque, et demande au vaisseau USG Ishimura de l'emmener pour l'étudier.

La Terre et l'humanité sont en danger : une armée de robots aliens a débarqué sur la planète bleue et étend sa domination sur les deux hémisphères. Les êtres humains risquent d'être réduits en esclavage, voir d'être tout simplement réduits en poussière. Un petit groupe organise la résistance. Hadley Ryan, un shérif, Jo Summers, une femme médecin et Jake Van Ryberg, un ancien soldat, tentent d'organiser la résistance. Ils cherchent à déterminer quel est le talon d'Achille de leurs ennemis mécaniques. Ecrasés par la puissance des envahisseurs, les rebelles doivent d'abord tout faire pour demeurer en vie et mettre au point un plan de contre-attaque.

En 2258, 10 ans après la guerre entre l'Alliance terrienne et la Fédération minbarie, Jeffrey Sinclair prend le commandement d'une station spatiale, appelée Babylon 5. Située dans un espace neutre, elle accueille les représentants des différentes races composant la communauté galactique au sein d'un Conseil regroupant cinq principales puissances et la Ligue des mondes non alignés qui sont décidés à maintenir la paix et la prospérité dans la galaxie. Mais, la mission de Sinclair, puis celle de John Sheridan, s'avère particulièrement difficile à cause des conflits entre mondes (les Centauris contre les Narns), des dissensions internes (chez les Minbaris, et aussi sur Terre). Petit à petit, des indices semblent prouver l'existence d'une race aux desseins destructeurs, les Ombres.