Un jour d’été, Kosuke et Natsume, deux amis d’enfance, se retrouvent dans un vieux complexe résidentiel qui va bientôt être démoli. À leurs yeux, cet endroit n’est autre que le foyer qui les a vu grandir, et au sein duquel ils ont forgés de nombreux précieux souvenirs au fil des années. Tandis qu’ils contemplent une dernière fois le lieu, un phénomène mystérieux les saisit et ils se retrouvent soudainement à la dérive dans l’océan.

Dans un monde régi par la magie, Yuno et Asta ont grandi ensemble avec un seul but en tête : devenir le prochain Empereur-Mage du royaume de Clover. Mais si le premier est naturellement doué, le deuxième, quant à lui, ne sait pas manipuler la magie. C’est ainsi que lors de la cérémonie d’attribution de leur grimoire, Yuno reçoit le légendaire grimoire au trèfle à quatre feuilles tandis qu’Asta, lui, repart bredouille. Or, plus tard, un ancien et mystérieux ouvrage noir décoré d’un trèfle à cinq feuilles surgit devant lui ! Un grimoire d’anti-magie…

L'histoire débute dans un jeu qui se nomme Yggdrasil. Tout se passe bien jusqu'à l'annonce de la fin de ce dernier. Nous suivons alors les aventures du personnage appelé Momonga qui est le mage le plus puissant dans ce jeu. Lors de la désactivation de Yggdrasil, l'apparence de notre héros se décompose pour devenir un squelette. Mais son personnage ne fut pas déconnecté, et suite à cela, il décide de ne pas quitter le jeu mais de le gouverner.